Медициналық орталық құрамында келесі кабинеттер бар: стоматологиялық кабинет, емдеу кабинеті,  психотерапевт кабинеті және т.б. Олар қажетті жабдықтармен және медициналық аспаптармен жабдықталған. ҚазБСҚА медициналық орталық Денсаулық сақтау министрлігінің, студенттік емхананың және Алматы қаласыныд Бостандық ауданының СЭҚБ бағдарламаларын, оның ішінде диспансерлік есепте тұратын оқушыларды тегін кешенді медициналық тексеруді жүзеге асырады және қамтамасыз етеді.

Денсаулығында ауытқулары бар оқушыларға емделу тегін және материалдық көмек көрсетіледі.